A travers sa charte, le Parc s'est vu déléguer par les communes une compétence spécifique sur la gestion des rivières.
Il assure aussi la maîtrise d'ouvrage, la conception, la programmation et la réalisation des travaux d'aménagement hydraulique, la réhabilitation et la mise en valeur des milieux aquatiques sur le plan écologique et piscicole ainsi que l'entretien des cours d'eau.
Cette compétence s'applique au Bassin versant de la Bienne et à la Haute Vallée de l'Orbe. Elle pourra être étendue ultérieurement, sur la demande des communes, au Bassin Versant de la
Valserine.
Depuis 1995, le Parc pilote le contrat de rivière Bienne qui l'a conduit à aménager ce cours d'eau dans le double souci de protection des habitations et de gestion écologique de la rivière.
Organisme émetteur :Parc naturel régional du Haut-Jura