A travers sa charte, le Parc s'est vu déléguer par les communes une compétence spécifique sur la gestion des rivières.
Il assure aussi la maîtrise d'ouvrage, la conception, la programmation et la réalisation des travaux d'aménagement hydraulique, la réhabilitation et la mise en valeur des milieux aquatiques sur le plan écologique et piscicole ainsi que l'entretien des cours d'eau.
Cette compétence s'appliquait initialement au seul Bassin versant de la Bienne et à la Haute Vallée de l'Orbe. Elle est désormais étendue au Bassin Versant de la Valserine et de la Semine, ainsi qu' au cours de la Saine et de la Lemme.
Suivi des travaux